Μετά την ολοκλήρωσή του το τέμενος θα παραχωρηθεί δωρεάν στο Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου με την επωνυμία Διοικούσα Επιτροπή Ισλαμικού Τεμένους Αθηνών, που συστάθηκε με νόμο του 2006, ενώ θα λειτουργεί υπό την εποπτεία του υπουργείου Παιδείας. Το κόστος του έργου θα ανέλθει σε 750.000 ευρώ, ενώ με τις αμοιβές των συμβούλων και τον ΦΠΑ θα αγγίξει το 1 εκατ. ευρώ. Παράλληλα μελετώνται και κυκλοφοριακές ρυθμίσεις, καθώς στο συγκεκριμένο σημείο η προσβασιμότητα των πεζών είναι προβληματική. Για την υλοποίηση του έργου αρμόδια είναι η Ειδική Υπηρεσία Δημοσίων Έργων Κτιριακών του υπουργείου Υποδομών, όμως οι δαπάνες μετασκευής θα βαρύνουν το πρόγραμμα δημοσίων επενδύσεων του υπουργείου Παιδείας.